Nama Al-Jawami merupakan nama yang dinisbatkan kepada nama pondok pesantren dimana lokasi kampus didirikan, yaitu Pondok Pesantren Al-Jawami. Sedangkan penamaan pesantren Al-Jawami itu sendiri dinisbatkan kepada nama salah satu kitab bidang ushul fiqih, yaitu "Kitab Jam'ul Jawami" karya Syeikh Tajudin Ibnu As-Subkiy.

Kitab ini merupakan kitab yang paling disukai oleh pendiri Pondok Pesantren, yaitu Mama Kyai Sudjai. Karena kecintaan dan kegandrungannya terhadap kitab ini, kemudian atas saran menantu beliau, K.H.R. Totoh Abdul Fatah, maka kemudian nama pesantren yang asalnya pesantren Sidangsari dirubah menjadi Pondok Pesantren Al-Jawami.

Berdasarkan penelusuran maknanya, al-Jawami berarti universal (lengkap dan komplit). Berdasarkan filosofi ini, diharapkan Al-Jawami diharapkan mampu menjadi tempat yang di dalamnya serba lengkap dan serba ada. Kata 'al-Jawami' adalah bentuk jamak dari kata 'jami', sedangkan kata 'jami' itu sendiri berarti kumpulan, maka dapat difahami bahwa al-jawami adalah kumpulan dari berbagai kumpulan. Dan ini menjadi harapan bahwa al-Jawami harus mampu menjadi pusat dari berbagai komponen dan golongan. Al-Jawami juga menggambarkan harapan bahwa di dalamnya ada berbagai disiplin ilmu yang dipelajari dan di kaji, baik secara kepesantrenan ataupun secara formal di sekolah dan perguruan tinggi.